Jabatan Pengurusan Masjid Raja Permaisuri Bainun (dahulu dikenali sebagai Pusat Islam) telah diwujudkan secara rasminya setelah berlaku perubahan struktur organisasi Universiti Sultan Azlan Shah. Penstrukturannya berlaku setelah mengalami beberapa perubahan dari segi tanggungjawab dan peranan yang perlu dilaksanakan demi memenuhi hasrat dan matlamat USAS menjadi pusat ilmu terunggul pada waktu itu.

Jabatan Pengurusan Masjid Raja Permaisuri Bainun berperanan bagi mengawal selia tiga entiti di bawah bidang pengurusan jabatan ini iaitu:-

• Masjid Raja Permaisuri Bainun
• Pusat Tahfiz Al-Quran USAS
• Pra KAFA dan KAFA Az-Zarnuji

Pada tanggal 26 Julai 2018 bersamaan 13 Zulkaedah 1439H, DYMM Paduka Seri Sultan Perak Darul Ridzuan, Sultan Nazrin Muizzuddin Shah ibni Almarhum Sultan Azlan Muhibbuddin Shah Al-Maghfur-Lah telah berkenan menyempurnakan Majlis Perasmian Masjid Raja Permaisuri Bainun. Jabatan ini mempunyai beberapa unit di bawahnya iaitu:-

• Unit Modal Insan
• Unit Wakaf dan Khidmat Komuniti
• Unit Hal Ehwal Muslimat
• Unit Promosi dan Hebahan
• Unit Selenggaraan Masjid
• Unit Dakwah
• Unit Rakan Masjid
• Unit Hubungan Luar dan Protokol
• Unit Pentadbiran

Jabatan Pengurusan Masjid Raja Permaisuri Bainun bercita-cita membina imej dan identiti baru ke arah objektif yang lebih segar sebagai tunggak penyebaran dakwah iaitu:-

1. Membangunkan pusat bimbingan dan didikan yang berkaitan ilmu-ilmu asas Islam serta pembangunan rohani dan jasmani kepada warga USAS dan masyarakat setempat.
2. Penggerak program keagamaan dan kemanusiaan untuk warga universiti, masyarakat setempat dan antarabangsa.
3. Bertindak sebagai pusat perkhidmatan dan kebajikan untuk warga universiti dan masyarakat setempat.

Antara program tahunan di bawah Jabatan Pengurusan Masjid Raja Permaisuri Bainun ialah Kuliah Taffaquh Fiddin, Bicara Mufti, Bicara Tokoh Selebriti/ Personaliti TV, Forum Perdana, Program ‘Ihya Ramadan, Malaysia #QuranHour, Program Mega Korban dan Aqiqah Perdana dan Kuliah Maghrib Harian serta lain-lain lagi.