Fakulti Pengajian Islam bertanggungjawab menawarkan program akademik dan mata pelajaran Pengajian Islam seperti yang ditetapkan oleh Universiti Sultan Azlan Shah. Dalam memastikan fungsinya efektif dan efisien dapat dicapai melalui amalan tadbir urus yang baik, Fakulti Pengajian Islam dibahagikan kepada empat buah jabatan dan satu unit:-

1. Jabatan Usuluddin
2. Jabatan Syariah
3. Jabatan Bahasa dan Kesusasteraan Arab
4. Jabatan Sains Kemanusiaan
5. Unit Pentadbiran Am

Fakulti Pengajian Islam menawarkan program Diploma, program Ijazah Sarjana Muda, program Ijazah Sarjana, program Diploma Pascasiswazah dan program Ijazah Doktor Falsafah. Kesemua program pengajian yang ditawarkan telah mendapat kelulusan daripada Jabatan Pendidikan Tinggi (JPT) dan Agensi Kelayakan Malaysia (MQA).